Το Ετήσιο Παγκύπριο Συνέδριο Προστασίας και Ευημερίας του Παιδιού καθιερώθηκε το 1995 και αποτελεί μια κύρια δραστηριότητα της Εβδομάδας Παιδιού.

 Δίνει την ευκαιρία να συζητηθούν καίρια και επίκαιρα θέματα που αφορούν τα παιδιά, προτείνει λύσεις σε προβλήματα που αντιμετωπίζουν και ευαισθητοποιεί τους επαγγελματίες στην ανάγκη πλήρους εφαρμογής της Σύμβασης των Δικαιωμάτων του Παιδιού.

 Ταυτόχρονα, με την συμμετοχή των ίδιων των παιδιών μέσω της Κυπριακής Παιδοβουλής και της Παγκύπριας Συντονιστικής Επιτροπής Μαθητών που ανελλιπώς συμβάλλουν στις εργασίες του Συνεδρίου εδώ και χρόνια, το Συνέδριο αποτελεί βήμα έκφρασης της άποψης των παιδιών σε ζητήματα που τους αφορούν αλλά και απόδειξη πως η ΠΣΕΠΕΠ εννοεί την συμμετοχή των παιδιών στις δράσεις της όχι περιστασιακά και φραστικά αλλά ουσιαστικά και με συνέπεια.

 Το Συνέδριο έχει μέχρι σήμερα ασχοληθεί με τα πιο κάτω καίρια ζητήματα:

1995 «Παιδιά Χωρισμένων Γονιών»

1996 «Προαγωγή της Υγείας του Παιδιού»

1997 «Το Παιδί ως Καταναλωτής»

1998 «Τα Δικαιώματα του Παιδιού και Η Ευρωπαϊκή Προοπτική»

1999 «Η Βία και η Διαπραγμάτευση στη Ζωή του Παιδιού»

2000 «Δώστε μας πίσω την Παιδικότητα - Προβλήματα και Ευθύνες»

2001 «Συναποφασίζουμε και Συνεκτελούμε: Το Δικαίωμα Συμμετοχής του Παιδιού»

2002 «Ο Χειρισμός των Παιδιών μέσα από το Εκπαιδευτικό Σύστημα σε σχέση με τις Πρόνοιες της Σύμβασης των Δικαιωμάτων  του Παιδιού»

2003 «Διαφορετικότητα, Κοινωνικές Διακρίσεις και οι Επιπτώσεις τους στα Παιδιά»

2004 «Τα Δύσκολα Χρόνια:  Η Ανταπόκριση της Σύγχρονης Κοινωνίας στα Προβλήματα και τις  Προκλήσεις της Εφηβικής Ηλικίας»

2005 «Αγαπώ τη Ζωή... Θέλω να τη Ζήσω!» - Η Ασφάλεια και η Υγεία του Παιδιού

2006  ΔΕΚΑ ΧΡΟΝΙΑ ΜΕΤΑ: επισκόπηση των προβλημάτων των παιδιών της Κύπρου

2007 «Παιδιά της Ευρώπης… Παιδιά της Κύπρου: Η Εφαρμογή των Δικαιωμάτων των Παιδιών – Μύθος ή Πραγματικότητα;»

2008 «Δικαιούστε... Δικαιούμαστε » - Η Εφαρμογή των Δικαιωμάτων των Παιδιών μέσα στην Οικογένεια

2009  Σε συνεργασία με το Eurochild – Ευρωπαϊκό Συνέδριο:  «Monitoring child well-being: better policy and practice»